LaTeX-Dokumente mit eingebetteten R-Berechnungen und Grafiken mit TeXnicle erstellen

Mit dem R-Paket knitr lassen sich in R Dokumente entweder in Markdown oder eben in LaTeX schreiben, in die Berechnungen und Ausgaben wie Tabellen und Grafiken in R eingebettet werden. Benutzt man für die Erstellung dieser Dokumente die R-IDE RStudio, wo wird man seitens R gut unterstützt, will heißen, man kann zunächst auf der R-Konsole Dinge ausprobieren und dann in das Dokument übernehmen.

Aus RStudio heraus lassen sich auch die Dokumente dann kompilieren. Die Ergebnisse werden dann entweder als HTML-Seite im Falle von Markdown oder als PDF im Falle eines LaTeX-Dokumentes angezeigt.

So weit, so gut. Doch werden LaTeX-Dokumente schnell sehr lang. Außerdem wünscht man sich eine IDE, die bei der Erstellung der typischen LaTeX-Konstrukte wie begin{enumerate} … end{enumerate} Unterstützung in Form einer Autovervollständigung liefert. Das leistet RStudio leider nicht. Es bietet sich daher an, hier seine bevorzugte LaTeX-IDE zu nehmen.

Ich nutze auf dem Mac zur Zeit  TeXnicle. TeXnicle hat zwar die eine oder andere Macke. Dennoch arbeite ich sehr gerne damit.

Der geplante Workflow sieht nun so aus:

  • Die nötigen R-Berechnungen und Ausgaben in RStudio erstellen
  • Wenn sämtliche Ergebnisse bereitstehen, diese in Teilstücke zerteilen und in einem „.Rnw“-Dokument (LaTeX mit eingebettetem R-Code) in TeXnicle mit Prosa-Text erweitern

Es war nun in TeXnicle eine „Engine“ zu erstellen, die das Dokument erst durch R (bzw. knitr) jagt und dann dessen Ausgabe weiter mit LaTeX prozessiert. Continue reading LaTeX-Dokumente mit eingebetteten R-Berechnungen und Grafiken mit TeXnicle erstellen

Lüfterproblematik beim Retina MacBook Pro zieht weitere Kreise

Nachdem man mittlerweile zusehen kann, wie der Thread im apple-Forum, der sich mit der Problematik der hochdrehenden Lüfter beim aktuellen MacBook Pro Retina Display befasst, anwächst, schreibt nun mit heise ein in Deutschland nicht unbedeutendes Haus über diese Problematik.

Es bleibt nun abzuwarten, wie Apple reagiert. Ich bin mittlerweile eigentlich recht zuversichtlich. Träte ein solches Problem bei einem anderen Notebook-Hersteller auf, so wäre vermutlich die verbreitete Gerätemenge geringer. Zu sehr weichen  die Geräte dort durch unterschiedliche Konfigurationsmöglichkeiten von einander ab. Mit Grausen erinnere ich mich noch an das Lüfterproblem beim Dell E6500 seinerzeit. Dies wurde eigentlich nie richtig gelöst.

Lüfterproblem beim neuen MacBook Pro 15“ Retina Display

Nachdem ich seit gut 14 Tagen beruflich das neue MacBook Pro 15“ mit Retina Display (early 2013) nutzen darf, verfolge ich ein Problem, mit dem ich nicht alleine zu sein scheine: Plötzlich und ohne Last drehen die Lüfter hoch. Innerhalb einer Minuten beruhigt sich aber in der Regel alles wieder. Als dies das erste Mal auftrat, dachte ich zunächst, dass im Büro die Klimaanlage so rauschen würde. Ich konnte die Ursache anfangs gar nicht orten, da das Rauschen sehr diffus klingt. Im Netz wird es gar als Wasserfall-Rauschen beschrieben.

Als erste Maßnahme habe ich das SMC zurückgestzt. Das schien das Problem beseitgt zu haben. Doch es tritt weiterhin auf. Vorallem in den ersten 15 Minuten nach dem Aufwachen drehen die Lüfter gerne mal hoch. In der Aktivitätsanzeige ist jeweils immer keinerlei CPU-Last zu erkennen. Doch stellte ich irgendwann fest, dass es evtl. mit Zugriffen auf die SSD zu tun haben kann. Jedesmal gab es dort einen Peak, kurz bevor die Lüfter hochdrehten. Allerdings scheint dies nur ein notwendiges Kriterium und kein hinreichendes zu sein (zum Unterschied hier ein Erklärung von Thomas de Maizière).

Jetzt am Wochenende machten sich die Lüfter wieder öfters bemerkbar. Daher habe ich mir die iStat Menus gekauft. Diese lesen diverse Sensoren aus und stellen auch grafisch die Historie dar. So konnte ich vorhin einen solchen Peak aufzeichnen.

MacBook Pro 15'' Retina Lüfter PEak
MacBook Pro 15“ Retina Lüfter Peak

Ich habe auch ein wenig gegoogelt und fand diesen sehr schnell wachsenden Thread im Apple Forum. Hier werden die unterschiedlichsten Ideen als Ursache angeführt. Immer wieder taucht aber auch hier die SSD auf. Apple scheint wohl auf SanDisk als Hersteller gewechselt zu haben. Und damit soll es nun die Probleme geben.

Mit den iStat Menus konnte ich in der Tat ein Phänomen mit der SSD beobachten: So habe ich mir die Menüleiste so zusammen geklickt, dass ich dort die Temperatur der CPU und eben der SSD (bei mir steht dort die Bezeichnung APPLE SSD SD512E) sehen kann. Plötzlich war die Temperaturanzeige der SSD jedoch leer. Erst ein Neu-Anmelden brachte dort wieder eine Anzeige. Allerdings gibt es in den iStat Menus keine Historie für diesen Wert. Ob dies nun ein Fehler in iStat Menu ist oder eben ein Fehler des Sensors ist (ob Hard- oder Software), weiß ich nicht.

Angeblich kann man das Lüfterverhalten sogar mit dem Abspielen eines bestimmten Liedes in iTunes forcieren. Das erinnert schon ein wenig an den FDIV-Bug seinerzeit im Pentium.

Traurig finde ich an dieser Stelle, dass Apple sich bisher noch nicht zu diesem Thema offiiziell geäußert hat. Der Autor des Videos auf obiger Website blendet immerhin ein, dass ihm ein Apple-Techniker sagte, man würde an der Behebung arbeiten.

Tethering von iPhone 3GS zu iPad via Bluetooth

Mein iPhone-Tarif wurde umgestellt, so dass ich nun im Netz von T-Mobile die Personal Hotspot Funktion nutzen kann. Allerdings unterstützt mein iPhone 3GS nicht die Freigabe via WLAN. Es stehen nur die beiden Varianten via USB und via Bluetooth zur Verfügung.

Die Verbindung von iPhone und MacBook Pro via Bluetooth klappte auf Anhieb: Man aktiviert auf beiden Geräten Bluetooth, startet die Hotspot Funktion, verbindet die beiden Geräte und schon steht eine neue Netzwerkverbindung.

Das ganze klappt sogar von iPhone 3GS zu iPad 2. Beide nutzen iOS 4.3.5. Auch hier muss man die beiden Geräte nur per Bluetooth verbinden.

Welche Probleme entstehen beim Wechsel auf Mac OS X Lion?

Nun ist seit gestern Mac OS X Lion oder wie es ja offiziell heißt OS X Lion erschienen. Sofort stellt sich dem Nutzer natürlich die Frage, ob er denn gleicht wechseln soll.

Da ich eher abwarten werde, lese ich sehr intensiv die ersten Erfahrungsberichte, die ich hier kurz zusammenfassen will. (Update: Auch Mac & I stellt Erfahrungen zentral zusammen.

  • Den ersten Hinweis, der mich ein wenig schrecken ließ, war ein Bericht zu den Akkulaufzeiten unter Lion im Vergleich zu Snow Leopard. So sieht es für aktuelle Geräte mit Lion besser aus. Auf älteren Geräten scheint hingegen die Laufzeit im Akkubetrieb deutlich abzunehmen. Diese Beobachtung findet man auch an anderen Stellen im Netz.
  • Die Firma Macromates, die den erfolgreichen Editior TextMate herstellt, hat bereits erste Einschränkungen unter Lion dokumentiert. Darunter fallen Dinge, wie dass sich beim erneuten Öffnen des Programms nicht automatisch alle vorher geladenen Dateien erneut laden. Diese Funktion ist in Lion neu eingeführt worden, muss aber von der jeweiligen Applikation unterstützt werden. Damit wird man leben können, ändert sich doch nichts im Vergleich zu Snow Leopard. Stärker dürfte hingegen wiegen, dass ⌃⇥ (control-tab) nun nicht mehr zwischen Editior-Fenster und Sidebar wechselt.
  • Verschiedene Hersteller von Musiker-Software warnen im Moment auch noch vor dem Einsatz ihrer Software unter Lion.
  • In den Suchanfragen, die auf meine Site führen, fand ich gestern noch folgende Suchwort-Kombination: „netbeans mac lion problem“. Das lässt mich auch hier noch auf Probleme schließen, was mich allerdings etwas überrascht, da es sich bei Netbeans doch um eine Java-Anwendung handelt. Update: Ich habe selbst ein wenig gegoogelt. Demnach scheint das Problem zu sein, dass Java selbst nicht mit Lion mitkommt. Näheres und zu Problemen mit git und php findet man hier.
  • Golem.de stellt auch einige Programme vor, die mit Lion nicht (richtig) funktionieren. Dazu schreibt Golem Wir hatten Probleme mit Hardware Growler, einer Erweiterung von Growl, dem iStumbler sowie einem UMTS-Stick und dessen Anwendung. Hier helfen vermutlich nur Updates der Programmentwickler. Ich denke, das ist aber auch nicht anders zu erwarten. Schließlich handelt es sich bei Lion ja um eine neue Version des Betriebssystems.
  • Spannend wird es noch werden, wenn man auf den VPN Client SecureRemote von Checkpoint angewiesen ist. Ersten Forumsberichten zufolge, funktioniert dieser nicht unter Lion. Auf der offiziellen Download-Seite findet man auch nur eine Version für Snow Leopard.

Gruml, der bessere Newsreader für den Mac?

Nachdem ich heute mal wieder feststellen musste, dass NetNewsReader, den ich als RSS-Reader auf dem Mac verwende, erneut einen Haufen Feeds einfach nicht mehr aktualisiert, obwohl neue Einträge vorhanden sind, habe ich mich mal ein wenig umgeschaut.

Das wichtigste war die Synchronisation mit Google Reader, da ich an verschiedenen Rechnern und eben auch per iPhone meine RSS-Feeds lesen will. Ich habe mich nun für Gruml entschieden. Es ist zwar im Moment noch in der Beta-Phase, machte aber auf den ersten Blick schon einen schönen Eindruck. Insbesondere synchronisiert es auch Google Alerts, woran leider NetNewsReader scheitert.

PHP 5.2.X auf Snow Leopard

Leider ist es mir auch heute mit frischem Elan nicht gelungen PHP 5.2.X auf Mac OS X Snow Leopard 10.6.3 zu kompilieren. Erst mit der Option –without-iconv ist es mir gelungen, PHP 5.2.13 zu kompilieren. Ich musste hier auf die neueste Version springen, da in der Version 5.2.11, die ich bisher einsetze, dann noch ein Fehler beim Linken auftauchte.

Ich stoplerte dann im Netz auf den Vorschlag, die mit Snow Leopard mitgelieferte Version von iconv komplett durch eine eigene Installation zu überbügeln. Das wollte ich aber dann doch vermeiden, weil ich nicht weiß, welche Probleme ich mir damit sonst so einhandele.

Ich finde es schon recht schade, dass PHP auf dem Mac so stiefmütterlich behandelt wird. So heißt es im INSTALL File u.a. zur Mac Installation

4. Next, go to the PHP 4 source directory and configure it.

Wohlgemerkt, es handelt sich um PHP 5.2.13!

Anscheinend spielt PHP auf dem Mac einfach keine so grosse Rolle. Immerhin gibt es hier mit Ruby On Rails ja auch eine (mehr oder weniger) native Alternative.

GD-Library unter Snow Leopard

Eigentlich wollte ich ja nur bei meiner PHP Installation, die ich seinerzeit selbst auf Leopard gebaut habe, die curl Unterstützung ergänzen.

Doch leider ging das Kompilieren immer auf die Bretter. Dann dämmerte es mir: Nach dem Upgrade auf Snow Leoard muss ich alle meine lokal installierten Libraries neu kompilieren.

Nun gut, an der GD-Library habe ich aber ziemlich gekämpft. Es gab immer einen Fehler

png.h not found

Also musste ich zunächst die libz nachinstallieren und dann noch die libpng, obwohl die eigentlich bei Mac OS 10.6 mit dabei ist.

Der letzte wichtige Schritt war dann noch ein Symlink:

  sudo ln -s /usr/X11R6/include/fontconfig /usr/local/include
Damit konnte ich dann die gdlib bauen. 

 

netbeans und das ewige Indizieren

Ich habe auf dem Mac mein Netbeans  von 6.7.1 auf 6.8 aktualisiert — mit fatalen Folgen. Das Indizieren der Projekte dauert ewig und hört nicht mehr auf. Selbst wenn in der Fußleiste der Balken verschwindet, ist die CPU noch immer auf 100%.

Ich habe dann unter ~/.netbeans//var die Verzeichnisse cache und filehistory gelöscht, wie dies hier empfohlen wird — leider ohne Erfolg.

Daraufhin habe ich sukzessive in ein Testprojekt die Verzeichnisstruktur aus einem Problem-Projekt gezogen. In der Tat war bis zu dem Zeitpunkt alles okay, bis ich einen Ordner, der in Unterordnern insgesamt 5000 Bilder hatte, hinzufügte. Ich habe diesen Order auch sofort zu den Ignored Folder hinzugefügt — Ihr wisst schon: ohne Erfolg.

Selbst das Löschen dieser einzelnen Dateien brachte keinen Erfolg. Er das Löschen des gesamten Ordners und das Leeren des Caches brachte nach einigen Minuten wieder ein ruhiges System.

Praktikabel ist das leider nicht — wofür gibt's denn die Ignored Folder?